合肥市中心血站成立于1989年7月（合编[1989]17号），承担合肥地区临床采、供血任务和工作，是不以盈利为目的的公益性事业单位。负责保障合肥地区省、市、县区以及部队医院在内的全部医疗机构的临床治疗、急救及战备用血。2007年增设“安徽省血液中心”名称，受卫生厅委托承担省血液中心相关职能。2014年6月18日，为加强合肥市无偿献血工作管理，确保临床用血安全供给，市政府决定成立市无偿献血工作领导小组。
2012年2月，根据合肥市机构编制委员会办公室文件《关于原地级巢湖市中心血站更名的批复》（合编办[2012]26号）的要求，“巢湖市中心血站”更名为“合肥市中心血站巢湖分站”，为正科级全额拨款非独立法人事业单位。
近年来，在站领导班子带领下，认真贯彻落实《中华人民共和国献血法》，严格按照《血站管理办法》、《血站质量管理规范》、《血站实验室质量管理规范》等开展各项工作。2003年实现了计划献血向自愿无偿献血的转轨。临床用血全部来自自愿无偿献血，采供血总量30余吨。献血由献全血稳步向献成分血转变，单采血小板由2005年的300多个治疗量快速增加到10000个治疗量，持续推进无偿献血从城市向农村延伸。确保了合肥地区临床用血的需求和安全。在合肥公共卫生事业中发挥着日益重要的作用。
先后获得“全国无偿献血先进城市”、“安徽省第十届文明单位”、“安徽省卫生先进单位”“安徽省卫生系统先进集体”、“合肥市文明单位”、“合肥市卫生先进单位”、“合肥市平安单位”、“合肥市社会治安综合治理先进集体”、“合肥市“十一五”职工创新工程先进单位”、“合肥市先进基层党总支”等荣誉称号。
血站占地面积6330平方米，业务大楼4695平方米。血站现有职工234名（不含肥东采供血点11名）。专业技术人员183名，其中高级7名，中级33名，初级99名，博士1名，硕士12名，本科生77名。
巢湖分站占地面积6667平方米，业务大楼2800平方米，血站现有职工39名。专业技术人员33名，中级6名，初级27名，本科生14名。
血站内设7个职能科室：办公室、组织人事科、业务科、财务科、质量管理科、后勤服务科、宣传科；内设7个业务科室和3个采供血点：供血服务科、献血服务科、成分制备科、单采服务科、输血研究室、检验科、信息科、肥东采供血点、肥西采供血点、长丰采供血点。拥有一批输血专业人才，合肥市首批及第二批3820产业英才设岗单位，输血研究室系省临床医学重点发展学科、合肥市临床医学重点学科、安徽省临床重点特色专科。先后承接和参与各级各类科研项目十多项，一些项目相继获得省科技进步三等奖、省卫生科技进步二等奖、市科学技术奖、市科学技术进步一等奖、二等奖和三等奖等。2007年12月设立中华骨髓库安徽移植配型实验室。填补了我省在移植配型工作上的空白，进一步提高了我省骨髓移植及器官移植的整体水平。2008年12月成立安徽省血液质量检测实验室和血液检测检定实验室，承担省卫生厅血液安全监督、监测抽样样本的检测任务。同时承担全省采供血机构输血传染病检测筛查实验室能力验证、血液检测争议标本的检定、抗-HIV和其它监测项目的确证工作以及献血者归队的实验室检测工作。积极履行血液中心职能，配合卫生厅对基层血站进行检查指导及总体质量评价。
血站拥有先进的血液检测、血液制备、低温保存等大型的先进设备，有一套国内先进的计算机网络管理系统。为确保输血安全，在严格按规范要求进行检测的基础上，采用国际上最先进的“核酸检测（NAT）法”检测传染病因子，缩短病毒感染检测的窗口期。导入先进的实验室管理理念-ISO/IEC17025和ISO15189，通过对流程的管理来达到对结果的管控。
2010年开始承担对全省血站实验室管理和技术人员开展集中培训和考核任务，作为检验人员上岗的重要依据。定期举办全省血站业务技术更新的研讨培训班，组织他们参加省际之间的交流合作，对全省的采供血工作起到积极的引领作用。
血站坚持以“科学先导，精益求精，严格执行血液标准；以人为本，服务至上，不断满足社会需求”的质量方针，竭诚为无偿献血者和临床用血病人提供安全、高效优质服务。2007年8月我站在省内率先通过ISO9001国际质量管理体系认证。
为方便市民献血，我站在花园街、欧风街、滨湖世纪城、新都会环球广场、百盛广场、大学城、巢湖百大、巢湖安德利、安医巢湖附属医院、庐江街心花园等处设有流动采血车；在白马商城、国购广场、肥西县设有移动献血房车；在大学城商业中心购造一座76.48平方米献血屋，在市委市政府的关心和支持下，在淮河路步行街已建成一座45平方米献血屋，在大唐乐购广场建立一座45平方米献血屋，在巢湖百大建立一座约28平方米献血屋，在庐江街心花园建立一座约36平方米献血屋，在长丰县城建立一座35平方米献血屋、在肥东县城建立一座18平方米献血屋，在翡翠路设立一座130平方米献血屋。2012年7月经市委市政府批准原址改扩建工程--合肥集中化检测中心大楼已获建设立项，2014年9月动工新建12890平方米12层血液集中化检测业务大楼，预计2016年正式投入使用。基本可以缓解业务用房紧张的局面。为方便农民朋友献血，对肥东采供血点在提供必要支持的同时严格按照相关规范进行管理；在肥西县设立了固定献血点并以此为基础向乡镇纵深延伸，力争达到县域内采集的血液基本可以满足当地临床需求。在肥东、肥西、长丰三县设立供血点，全天候提供咨询服务和方便县域内医疗单位的临床用血。为了确保充足的血液供应，血站招募了一支相当数量的固定献血者队伍，满足正常的临床治疗需求，为应对突发事件和紧急状况，血站还建立采供血保障应急机制，包括三支队伍：无偿献血者应急队伍、稀有血型献血者队伍、机采血小板献血者队伍。形成三个采血层面：街头为主，团体为辅，应急为补，满足日常情况和应急状态下的采供血需求。